En el año de 1975 se crea el Departamento de Zootecnia, cuyo nombre en 1985 se cambio a Hidrobiología. En el Departamento las actividades de docencia, investigación y difusión y preservación de la cultura están dirigidas al estudio de los diferentes ambientes acuáticos, desde aspectos ambientales hasta la biota que habita en ellos; también se investiga los efectos de la actividades antropogénicas y del cambio global sobre los organismos y los ecosistemas. Aunado a lo anterior, se aplican los conocimientos obtenidos sobre los organismos acuáticos en la producción y obtención de alimentos, conservación y propagación de especies nativas, así como detección de compuestos con propiedades bioactivas.

El Departamento está conformado por 42 profesores, 40 de tiempo completo y dos de tiempo parcial. Con base en la formación académica el 88% de los profesores tiene Posgrado (58% Doctorado y 30% Maestría), existe un 5% de profesores con Especialidad en Educación Ambiental (Master) y un 7% con Licenciatura. Los profesores de tiempo completo están agrupados en cuatro Áreas de Investigación y hay 14 profesores adscritos a la Jefatura del Departamento.